Był trzykrotnie wzywany na gestapo. Pierwsze wezwanie otrzymał jeszcze w październiku 1939 roku, na które stawił się wraz z księdzem Franciszkiem Korszyńskim. Gestapowcy zażądali przedłożenia spisu księży, podania godzin odprawianych nabożeństw oraz nakazali głoszenie kazań po niemiecku. Pierwsze dwa żądania zostały spełnione jednak księża odmówili trzeciemu argumentując to nieznajomością języka niemieckiego przez parafian. Niemcy wobec tego zażądali sporządzania tłumaczeń polskich kazań na niemiecki i przekazywanie ich w formie pisemnej policji.
Później jeszcze dwukrotnie wzywało go gestapo. Ostatni raz 7 listopada 1939 kiedy to Niemcy aresztowali wszystkich włocławskich duchownych i alumnów (łącznie 44 osoby). Aresztowanych księży zaprowadzono do więzienia miejskiego i zamknięto ich w kaplicy więziennej, a biskupa Kozala w izolatce na gołym betonie, gdzie w nocy strażnicy próbowali go złamać psychicznie waleniem w drzwi, pobudkami oraz przeładowywaniem w jego obecności broni sugerując wyprowadzanie na egzekucję.
16 stycznia 1940 Michał Kozal został przewieziony z włocławskiego więzienia do przejściowego obozu, pocysterskiego klasztoru w Lądzie nad Wartą. Podczas transportu odbywającego się w mrozie minus 21 stopni doznał odmrożeń uszu, nosa i nóg. W lądeckim klasztorze więzieni księża mieli relatywnie dobre warunki m.in. mogli korzystać z ogrodu oraz całego budynku klasztornego. Przebywali tam do 3 kwietnia 1941. W międzyczasie Stolica Apostolska poczyniła zabiegi dyplomatyczne, aby Kozal objął urząd biskupa lubelskiego, przyjął obywatelstwo niemieckie lub wyjechał z własnej woli do Generalnego Gubernatorstwa. Propozycje te spotkały się jednak z jego stanowczą odmową.
3 kwietnia 1941 roku biskup Kozal wraz innymi księżmi został przewieziony do więzienia w Inowrocławiu. Podczas wsiadania i wysiadania z ciężarówek księża byli bici przez strażników kijami. Również w czasie przesłuchań w inowrocławskim więzieniu używano tej formy represji. Już podczas pierwszego przesłuchania gestapo pobiło Kozala uszkadzając mu ucho wewnętrzne w wyniku czego wywiązało się zapalenie[13]. Z Inowrocławia przewieziono księży ciężarówkami do więzienia w Poznaniu, a potem pociągiem do Berlina, Halle, Weimaru i Norymbergi.
25 kwietnia 1941 umieszczono go w wydzielonym tylko dla księży i osób duchownych specjalnym bloku 28 znajdującym się w obozie koncentracyjnym w Dachau. Biskup podobni jak wszyscy księża otrzymał nr obozowy 24544 oraz pasiak z czerwonym trójkątem, oznaczającym więźnia politycznego. W obozie w wyniku wycieńczenia i głodu zapadł na tyfus. 17 stycznia jego stan znacznie się pogorszył i skierowano go do obozowego rewiru dla chorych. 26 stycznia 1943 pielęgniarz Józef Sniess dał mu w rękę śmiercionośny zastrzyk z fenolu mówiąc „In Ewigkeit” (pol. „Na wieczność”)[15]. Zastrzyk spowodował śmierć biskupa. Cztery dni później 30 stycznia jego ciało zostało spalone w obozowym krematorium.
Dwa dni po śmierci Michała Kozala Polskie Radio Londyn podało ten fakt do wiadomości publicznej. Wywołało to duże zaniepokojenie Niemców, którzy obawiali się, że na terenie obozu w Dachau znajduje się ukryta radiostacja przekazująca aliantom informacje drogą radiową. Rodzinie odmówiono zwrotu rzeczy osobistych, a także wydania prochów, które rozsypano na terenie obozu. Księżom zakazano nawet modłów oraz odprawienia mszy.
14 lutego 1942 r. Naczelny Wódz gen. Władysław Sikorski wydał rozkaz o przekształceniu Związku Walki Zbrojnej w Armię Krajową. Decyzja o powstaniu AK była podyktowana koniecznością scalenia polskich konspiracyjnych oddziałów zbrojnych i podporządkowania ich rządowi RP w Londynie. Utworzona przed 70 laty AK jest uważana za największe i najlepiej zorganizowane podziemne wojsko działające w okupowanej Europie.
Miejsca pamięci związane z wydarzeniem we Włocławku:
W 2001 roku Sejm Rzeczypospolitej Polskiej podjął uchwałę, w której uznał zasługi organizacji i grup niepodległościowych, które po zakończeniu II wojny światowej zdecydowały się na podjęcie nierównej walki o suwerenność i niepodległość Polski, oddając w ten sposób hołd poległym i pomordowanym oraz wszystkim więzionym i prześladowanym członkom organizacji Wolność i Niezawisłość. Było to pierwsze tej rangi uhonorowanie żołnierzy zbrojnego podziemia antykomunistycznego.
Miejsce pamięci powiązane z wydarzeniem we Włocławku:
Kamień Pamięci „Żołnierzy Wyklętych”
Lokalizacja: Plan Wolności, dziedziniec klasztoru o.o. Franciszkanów.